发热39℃但是头不疼，可能是由于感染、个体差异、术后机体应激反应引起。建议患者及时去医院就诊，进行相关检查，并在医生指导下进行对症治疗，以免延误病情，产生难以预料的后果。
1、感染
如果患者的抵抗力比较低，不注意防护，受到了病原菌感染，引起炎症反应，释放炎症因子，刺激体温调节中枢，从而出现发热症状。但发热并没有引起头部血管痉挛，也没有引起血压发生改变，所以没有产生头疼症状。患者可以在医生的指导下使用头孢克肟颗粒、阿昔洛韦片等药物进行治疗。
2、个体差异
由于发热是因为体温调节中枢功能紊乱所引起的，个别患者的临床症状存在着差异，这些患者可能会在发烧的时候不伴随头痛的症状。这个时期患者应及时在医生指导下使用对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等。
3、术后机体应激反应
对于机体而言，手术是一种外界刺激，可能会引起机体出现变态反应，产生发热症状，但没有诱发自主神经紊乱，所以不会出现头疼的症状。建议患者通过冷毛巾冰敷额头、酒精擦身等方式进行物理降温，必要时可以在医生的指导下使用尼美舒利胶囊、阿司匹林肠溶片等药物进行治疗。
