艾灸是一种传统的中医疗法，采用温热的刺激，可以促进局部血液循环，促进炎症的吸收和消退。对于治疗巧克力囊肿所引起的疼痛，有很好的缓解作用，但是并不能根治。具体如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。艾灸可以温经、活血、通络，当然主要是针对囊肿比较小的可能存在一定的治疗效果，如果囊肿比较大的，随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大，治疗效果较差，需要结合具体情况进行具体分析。
如果巧克力囊肿不是太大，没有超过5厘米，在医生的指导下，可以通过艾灸的方法进行治疗，如果巧克力囊肿偏大，超过了5厘米左右，要及时去医院就诊，在医生的指导下通过药物治疗或者进行手术治疗。
