小儿病毒性心肌炎的治疗是综合的治疗：
第一，是休息，减轻心脏的负担，急性期最好卧床休息三到四周，重症的要求卧床休息三个月，恢复期也要避免剧烈的运动；
第二，抗病毒的治疗；
第三，心肌炎的治疗主要是心肌营养及代谢药物的应用，如大剂量的维生素C、磷酸肌酸对等。
免疫抑制剂、大剂量的丙种球蛋白，一般病例是不需要应用的，主要应用于暴发性心肌炎及急性期病毒性的心肌炎。
出现心衰的药应用一些血管活性的药物控制心衰，恶性的心律失常需要应用抗心律失常的药物，如果出现了三度房室传导阻滞，有阿-斯综合征发作，可能需要安装临时起搏器。
另外还有中医中药也有一定的作用。所有的药物治疗一定要是在医生的指导下，根据病人的个体差异，根据病情，来决定治疗的方案。
总体来说，大多数小儿病毒性心肌炎的预后是良好的，少数可以转化为扩张性的心肌病，爆发性心肌炎预后差。
