一般情况下，巧克力囊肿手术后复发率，取决于具体的手术方式，比如保留生育功能的手术、保留卵巢功能的手术、根治性手术。具体分析如下：
1、保留生育功能的手术
年轻、有生育要求的患者，可以在专业医生的操作下采取保留生育功能的手术切除病灶、分离粘连，但是会保留子宫，以及保留至少一侧或者部分卵巢，该手术的术后复发率会高达40%左右。建议患者在术后尽早妊娠，并且在医生的指导下使用药物治疗，减少复发。
2、保留卵巢功能的手术
45岁以下患者症状明显、没有生育要求时，可以在专业医生操作下采取保留卵巢功能的手术治疗，但是需要切除病灶及子宫，促进症状缓解，复发率通常约为5%左右。
3、根治性手术
45岁以上重症患者需要在专业医生的操作下采取根治性手术切除病灶、子宫、双侧附件，通常不会复发。
患病后需要在医生指导下积极治疗，以免疾病加重，增加治疗难度。
